MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydophila caviae GPIC plasmid pCpGP1

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004720	CAAAA	2	10	120	129	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_004720	TCG	2	6	154	159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_004720	ATC	2	6	212	217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_004720	CCA	2	6	274	279	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_004720	AAG	2	6	299	304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004720	CTAG	2	8	310	317	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_004720	TG	3	6	330	335	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004720	CAA	2	6	392	397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_004720	GAAA	2	8	445	452	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004720	CAA	2	6	455	460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_004720	TTA	2	6	550	555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004720	TAA	2	6	569	574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004720	AAAC	2	8	633	640	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_004720	ATTA	2	8	683	690	50 %	50 %	0 %	0 %	29839221
15	NC_004720	AAG	2	6	691	696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839221
16	NC_004720	T	6	6	705	710	0 %	100 %	0 %	0 %	29839221
17	NC_004720	A	7	7	712	718	100 %	0 %	0 %	0 %	29839221
18	NC_004720	A	6	6	747	752	100 %	0 %	0 %	0 %	29839221
19	NC_004720	GAAA	2	8	797	804	75 %	0 %	25 %	0 %	29839221
20	NC_004720	A	6	6	802	807	100 %	0 %	0 %	0 %	29839221
21	NC_004720	GAT	2	6	843	848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839221
22	NC_004720	ACA	2	6	911	916	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
23	NC_004720	A	6	6	934	939	100 %	0 %	0 %	0 %	29839221
24	NC_004720	AG	3	6	951	956	50 %	0 %	50 %	0 %	29839221
25	NC_004720	ACA	2	6	984	989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
26	NC_004720	TCT	2	6	1026	1031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839221
27	NC_004720	TTAT	2	8	1059	1066	25 %	75 %	0 %	0 %	29839221
28	NC_004720	TCAA	2	8	1100	1107	50 %	25 %	0 %	25 %	29839221
29	NC_004720	CTTA	2	8	1123	1130	25 %	50 %	0 %	25 %	29839221
30	NC_004720	CCTT	2	8	1233	1240	0 %	50 %	0 %	50 %	29839221
31	NC_004720	GT	3	6	1326	1331	0 %	50 %	50 %	0 %	29839221
32	NC_004720	ACA	2	6	1354	1359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
33	NC_004720	ACA	2	6	1370	1375	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
34	NC_004720	CAG	2	6	1423	1428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_004720	T	6	6	1451	1456	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004720	GA	3	6	1481	1486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004720	GGT	2	6	1500	1505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004720	GGT	2	6	1522	1527	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004720	GGT	2	6	1544	1549	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004720	GGT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004720	A	8	8	1584	1591	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004720	ATT	2	6	1670	1675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839222
43	NC_004720	AGC	2	6	1691	1696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839222
44	NC_004720	AAGA	2	8	1730	1737	75 %	0 %	25 %	0 %	29839222
45	NC_004720	TAA	2	6	1769	1774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839222
46	NC_004720	ACTTAT	2	12	1854	1865	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	29839222
47	NC_004720	AGC	2	6	1904	1909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839222
48	NC_004720	GTT	2	6	1956	1961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839222
49	NC_004720	AAGA	2	8	2043	2050	75 %	0 %	25 %	0 %	29839222
50	NC_004720	GTT	2	6	2054	2059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839222
51	NC_004720	A	6	6	2205	2210	100 %	0 %	0 %	0 %	29839222
52	NC_004720	AAG	2	6	2227	2232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839222
53	NC_004720	ATCTT	2	10	2273	2282	20 %	60 %	0 %	20 %	29839222
54	NC_004720	AG	3	6	2289	2294	50 %	0 %	50 %	0 %	29839222
55	NC_004720	AG	3	6	2313	2318	50 %	0 %	50 %	0 %	29839222
56	NC_004720	TAT	3	9	2346	2354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839222
57	NC_004720	AAT	2	6	2462	2467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839222
58	NC_004720	TGAC	2	8	2521	2528	25 %	25 %	25 %	25 %	29839222
59	NC_004720	AG	3	6	2579	2584	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004720	G	7	7	2584	2590	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004720	TTAG	2	8	2602	2609	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004720	T	6	6	2637	2642	0 %	100 %	0 %	0 %	29839223
63	NC_004720	TGT	2	6	2658	2663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
64	NC_004720	AAC	2	6	2732	2737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839223
65	NC_004720	GTT	2	6	2840	2845	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
66	NC_004720	GTT	2	6	2950	2955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
67	NC_004720	TACTTT	2	12	2969	2980	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29839223
68	NC_004720	GAA	2	6	3062	3067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839223
69	NC_004720	T	6	6	3101	3106	0 %	100 %	0 %	0 %	29839223
70	NC_004720	TCAT	2	8	3139	3146	25 %	50 %	0 %	25 %	29839223
71	NC_004720	TTA	2	6	3187	3192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839223
72	NC_004720	TGC	2	6	3273	3278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839223
73	NC_004720	TGT	2	6	3350	3355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
74	NC_004720	ATT	2	6	3453	3458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839223
75	NC_004720	AGAA	2	8	3537	3544	75 %	0 %	25 %	0 %	29839223
76	NC_004720	CA	4	8	3627	3634	50 %	0 %	0 %	50 %	29839223
77	NC_004720	ATT	2	6	3666	3671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004720	AG	4	8	3753	3760	50 %	0 %	50 %	0 %	29839224
79	NC_004720	T	6	6	3778	3783	0 %	100 %	0 %	0 %	29839224
80	NC_004720	ATTTCT	2	12	3919	3930	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29839224
81	NC_004720	GAG	2	6	3940	3945	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29839224
82	NC_004720	AGA	2	6	3952	3957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
83	NC_004720	ACC	2	6	4031	4036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29839224
84	NC_004720	AAC	2	6	4066	4071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839224
85	NC_004720	CTT	2	6	4072	4077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839224
86	NC_004720	GAC	2	6	4171	4176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839224
87	NC_004720	A	7	7	4183	4189	100 %	0 %	0 %	0 %	29839224
88	NC_004720	A	6	6	4206	4211	100 %	0 %	0 %	0 %	29839224
89	NC_004720	TGA	2	6	4248	4253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839224
90	NC_004720	GAA	2	6	4257	4262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
91	NC_004720	ATTAT	2	10	4369	4378	40 %	60 %	0 %	0 %	29839224
92	NC_004720	TGT	3	9	4392	4400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839224
93	NC_004720	TTTCA	2	10	4485	4494	20 %	60 %	0 %	20 %	29839224
94	NC_004720	GTA	2	6	4528	4533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839224
95	NC_004720	T	7	7	4638	4644	0 %	100 %	0 %	0 %	29839224
96	NC_004720	GA	3	6	4701	4706	50 %	0 %	50 %	0 %	29839224
97	NC_004720	TTTA	2	8	4725	4732	25 %	75 %	0 %	0 %	29839224
98	NC_004720	TTAC	2	8	4737	4744	25 %	50 %	0 %	25 %	29839224
99	NC_004720	CAAA	2	8	4757	4764	75 %	0 %	0 %	25 %	29839224
100	NC_004720	TG	3	6	4845	4850	0 %	50 %	50 %	0 %	29839224
101	NC_004720	AGA	2	6	4875	4880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
102	NC_004720	ATT	2	6	4953	4958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839224
103	NC_004720	ATT	3	9	4973	4981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839224
104	NC_004720	AAG	2	6	4985	4990	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
105	NC_004720	ATC	3	9	5011	5019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839224
106	NC_004720	AGAA	2	8	5093	5100	75 %	0 %	25 %	0 %	29839224
107	NC_004720	GAA	2	6	5164	5169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
108	NC_004720	AGA	2	6	5183	5188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
109	NC_004720	GCT	2	6	5277	5282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839225
110	NC_004720	A	6	6	5427	5432	100 %	0 %	0 %	0 %	29839225
111	NC_004720	GAAT	2	8	5453	5460	50 %	25 %	25 %	0 %	29839225
112	NC_004720	TGG	2	6	5462	5467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839225
113	NC_004720	AAG	2	6	5470	5475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
114	NC_004720	GTT	2	6	5565	5570	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839225
115	NC_004720	GAA	2	6	5655	5660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
116	NC_004720	A	6	6	5682	5687	100 %	0 %	0 %	0 %	29839225
117	NC_004720	TCA	2	6	5698	5703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839225
118	NC_004720	TAT	2	6	5717	5722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839225
119	NC_004720	TTTTG	2	10	5744	5753	0 %	80 %	20 %	0 %	29839225
120	NC_004720	CAA	2	6	5845	5850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
121	NC_004720	GAAA	2	8	5851	5858	75 %	0 %	25 %	0 %	29839225
122	NC_004720	AAATAG	2	12	5893	5904	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	29839225
123	NC_004720	A	7	7	5964	5970	100 %	0 %	0 %	0 %	29839225
124	NC_004720	A	6	6	6060	6065	100 %	0 %	0 %	0 %	29839225
125	NC_004720	CAA	2	6	6096	6101	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
126	NC_004720	CAA	2	6	6106	6111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
127	NC_004720	ACA	2	6	6129	6134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
128	NC_004720	AAT	2	6	6138	6143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839225
129	NC_004720	TTG	2	6	6147	6152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004720	AATTA	2	10	6165	6174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004720	ACA	2	6	6226	6231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
132	NC_004720	CAA	2	6	6294	6299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
133	NC_004720	AAC	2	6	6311	6316	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
134	NC_004720	AAG	2	6	6349	6354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839226
135	NC_004720	AAT	2	6	6387	6392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
136	NC_004720	TAG	2	6	6463	6468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839226
137	NC_004720	TAT	2	6	6473	6478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839226
138	NC_004720	AAG	2	6	6505	6510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839226
139	NC_004720	AAT	2	6	6521	6526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
140	NC_004720	G	6	6	6633	6638	0 %	0 %	100 %	0 %	29839226
141	NC_004720	ATC	2	6	6705	6710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839226
142	NC_004720	TGT	2	6	6731	6736	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839226
143	NC_004720	AAGG	2	8	6750	6757	50 %	0 %	50 %	0 %	29839226
144	NC_004720	GTTA	2	8	6777	6784	25 %	50 %	25 %	0 %	29839226
145	NC_004720	TGTT	2	8	6809	6816	0 %	75 %	25 %	0 %	29839226
146	NC_004720	GTG	2	6	6889	6894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839226
147	NC_004720	ACA	4	12	6939	6950	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
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149	NC_004720	ACA	2	6	6977	6982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
150	NC_004720	TAA	2	6	6993	6998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
151	NC_004720	TTA	2	6	7002	7007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_004720	AT	3	6	7023	7028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_004720	TTG	2	6	7031	7036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_004720	GTA	2	6	7499	7504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_004720	TAAG	2	8	7517	7524	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
164	NC_004720	CAAAA	2	10	7653	7662	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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168	NC_004720	AAG	2	6	7832	7837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_004720	TG	3	6	7863	7868	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.